A study on energy functions with the 2D/HP model in the ant colony optimization with backtracking method
DOI:
https://doi.org/10.5335/rbca.v12i1.10287Abstract
This work applies a computational optimization algorithm: the Ant Colony Optimization (ACO) with backtracking method for correction of infeasible solutions to the Protein Structures Prediction problem (PSP), considered a problem of high complexity. This problem is a great challenge and an important issue in this research area, since from the known structure of a protein there is the possibility of its functionalities being explored, effectively collaborating for advances in the development of new medicines. In this sense, the main objective of this work was to analyze the performance of the ACO with backtracking method for PSP using two different energies in the 2D/HP representation model applying an ab initio approach, that is, without any prior knowledge. The Lau and Dill energy and the simplified energy, both found in the literature, were used in order to make a computational and biochemical comparison between them. The experiments showed good results of the ACO, mainly with the simplified energy.
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